母親を事故で亡くした主人公の伊吹慶太（いぶき・けいた）は、ある夜、上位元神霊（じょういもとつみたま）であるクロと出会う。
しかし、クロを抹殺しようとする謎の男に襲われ、左腕を吹き飛ばされてしまう。
クロは慶太を死なせないために、自分の左腕と交換し、契約を結ぶ。
そして、慶太とクロを取り巻く状況は急変していく。